本發明涉及生物檢測技術領域,特別涉及一種個體化用藥相關基因多態性的檢測方法。
背景技術:
精神科藥物代謝與副作用相關的多個基因的特定snp位點的多態性,在精神科針對不同類型患者合理使用精神藥物具有重要指導意義。
目前,在對患者進行個體化精神科藥物用藥的基因多態性檢測時,通常采用聚合酶鏈式反應pcr-直接測序法檢測患者的個體化用藥的基因多態性。
但是,采用pcr-直接測序法檢測個體化用藥基因多態性周期較長,從而導致個體化用藥相關基因多態性的檢測效率低。
技術實現要素:
本發明實施例提供了一種個體化用藥相關基因多態性的檢測方法,能夠提高個體化用藥相關基因多態性的檢測效率。
本發明實施例提供了一種個體化用藥相關基因多態性的檢測方法,包括:
預先合成lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的特異性擴增引物和單堿基延伸引物,其中,所述特異性擴增引物序列如seqidno.1~38所示,所述單堿基延伸引物序列如seqidno.39~57所示;
從待測樣本中提取出待測樣本基因組dna,并將所述待測樣本基因組dna作為dna模板;
配置包含所述特異性擴增引物和所述dna模板的pcr擴增體系;
利用pcr儀對所述pcr擴增體系進行擴增反應,獲得第一反應體系;
對所述第一反應體系進行消化處理,獲得第二反應體系;
配置包含所述單堿基延伸引物的單堿基延伸反應體系;
向所述第二反應體系中加入所述單堿基延伸反應體系,并對加入所述單堿基延伸反應體系的所述第二反應體系進行延伸反應,獲得第三反應體系;
對所述第三反應體系進行脫鹽純化處理,獲得純化產物;
利用包括有質譜儀的檢測儀器檢測所述純化產物,確定所述待測樣本的所述目標snp位點的基因多態性。
優選地,
所述pcr擴增體系,包括:
蒸餾水8~10份,10*pcrbuffer4~6份,25mmol的mgcl23~5份,20mmol的脫氧核糖核苷三磷酸混合物1~2份,seqidno.1~38所示的特異性擴增引物的混合物9~11份、dna聚合酶1~2份和dna模板19~21份,其中,各組分按體積比計,9~11份的特異性擴增引物的混合物中的每種特異性擴增引物的濃度均為0.1~2μmol,1~2份的所述dna聚合酶的濃度為0.5~2u/μl,19~21份的所述dna模板的量為5~500ng。
優選地,
所述單堿基延伸反應體系,包括:
蒸餾水5~7份,10*pcrbuffer1~3份,20mmol的雙脫氧核苷三磷酸混合物1~3份,seqidno.39~57所示的單堿基延伸引物的混合物8~11份,以及dna聚合酶0.3~0.5份,其中,各組分按體積比計,0.3~0.5份的所述dna聚合酶的濃度為0.5~2u/μl,8~11份的單堿基延伸引物的混合物中的每條單堿基延伸引物的濃度均為1~20μmol。
優選地,
所述利用pcr儀對所述pcr擴增體系進行擴增反應,獲得第一反應體系,包括:
利用pcr儀執行:
步驟a1:在90~98℃下,對所述pcr擴增體系預熱0.5~10min;
步驟a2:在90~95℃下,對預熱后的所述pcr擴增體系進行變性反應0.17~1min;
步驟a3:在45~65℃下,對變性反應后的所述pcr擴增體系進行退火反應0.17~1min;
步驟a4:在68~72℃下,對退火反應后的所述pcr擴增體系進行延伸反應0.17~10min;
步驟a5:將步驟a2、步驟a3和步驟a4循環25~45次,對延伸反應后的所述pcr擴增體系進行循環反應;
步驟a6:在68~72℃下,對循環反應后的所述pcr擴增體系進行終延伸反應0~10min,獲得第一反應體系,并在2~8℃下保存所述第一反應體系。
優選地,
所述對所述第一反應體系進行消化處理,獲得第二反應體系,包括:
向所述第一反應體系中加入0.5~2u的堿性磷酸酶和對應的堿性磷酸酶緩沖液;
利用所述pcr儀,在25~40℃下,對加入所述堿性磷酸酶和所述堿性磷酸酶緩沖液的所述第一反應體系進行消化處理5~60min,并在70~85℃下,對消化處理后的所述第一反應體系進行加熱變性處理5~60min,獲得第二反應體系,最后在2~8℃下,保存所述第二反應體系。
優選地,
所述堿性磷酸酶,包括:蝦堿性磷酸酶、小牛腸堿性磷酸酶、大腸桿菌堿性磷酸酶、大鼠堿性磷酸酶和熱敏性堿性磷酸酶中的任意一種。
優選地,
所述對加入所述單堿基延伸反應體系的所述第二反應體系進行延伸反應,獲得第三反應體系,包括:
利用所述pcr儀執行:
步驟b1:在90~98℃下,對加入所述單堿基延伸反應體系的所述第二反應體系預熱0.5~10min;
步驟b2:在90~98℃下,對預熱后的所述第二反應體系進行變性反應5~30s;
步驟b3:在50~58℃下,對變性反應后的所述第二反應體系進行退火反應5~30s;
步驟b4:在65~82℃下,對退火反應后的所述第二反應體系進行延伸反應5~30s;
步驟b5:將步驟b3至步驟b4循環4~6次,對所述延伸反應后的所述第二反應體系進行變性、退火循環反應;
步驟b6:將步驟b2至步驟b5循環25~45次,對變性、退火循環反應后的所述第二反應體系進行擴增循環反應;
步驟b7:在65~75℃下,對擴增循環反應后的所述第二反應體系進行終延伸反應0~10min,獲得第三反應體系,并在2~8℃下,保存所述第三反應體系。
優選地,
所述對所述第三反應體系進行脫鹽純化處理,獲得純化產物,包括:
向所述第三反應體系中加入樹脂,再加入蒸餾水,并將加入所述樹脂和所述蒸餾水的所述第三反應體系混勻,將混勻后的所述第三反應體系的上清液作為純化產物。
優選地,
所述對所述第三反應體系進行脫鹽純化處理,獲得純化產物,包括:
通過層析、超濾和分子篩中的任意一種或多種方式去除所述第三反應體系中的鹽離子,獲得純化產物。
優選地,
所述檢測儀器的檢測條件,包括:
所述質譜儀的噴霧電壓為3500~4000v,鞘氣為25~50arb,輔氣為10~50arb,離子傳輸管溫度為250~400℃,離子源霧化溫度為300~420℃,離子源溫度為300~400℃,分辨率為3000~140000。
優選地,
所述檢測儀器,進一步包括:高效液相色譜儀;
所述檢測條件,進一步包括:c18反相色譜柱,所述c18反相色譜柱的柱溫為:42~75℃,所述純化產物的進樣量為:5~50μl;
所述高效液相色譜儀的流動相為:a相:蒸餾水,b相:甲醇;
其中,色譜梯度為:0-1min,5%-20%b;1-4min,20%-40%b;4-5.5min,40%-95%b;5.5-6min,95%-5%b;6-10min,5%b。
在本發明實施例中,將從待測樣本中提取出的待測樣本基因組dna,加入到包含有lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的特異性擴增引物中進行擴增反應,可以擴增出包含目標snp位點的目的片段的第一反應體系,再順次進行消化處理,可以去除第一反應體系內多余的dntp,順次向去除dntp獲得第二反應體系中加入包含有目標snp位點的單堿基延伸引物,對該體系進行延伸反應可以獲得包含有單堿基延伸產物的第三反應體系,再進行脫鹽純化處理,去除第三反應體系中的鹽離子,即可獲得純化產物,最后利用包括有質譜儀的檢測儀器對純化產物進行檢測,即可確定待測樣本的lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的基因多態性。由于包括有質譜儀的檢測儀器檢測個體化用藥相關基因多態性的周期短,因此能夠提高個體化用藥相關基因多態性的檢測效率。
附圖說明
為了更清楚地說明本發明實施例或現有技術中的技術方案,下面將對實施例或現有技術描述中所需要使用的附圖作簡單地介紹,顯而易見地,下面描述中的附圖是本發明的一些實施例,對于本領域普通技術人員來講,在不付出創造性勞動的前提下,還可以根據這些附圖獲得其他的附圖。
圖1是本發明一實施例提供的一種個體化用藥相關基因多態性的檢測方法的流程圖;
圖2是本發明一實施例提供的lepr基因的rs1137101位點為rs1137101-a基因型的lc-ms譜圖;
圖3是本發明一實施例提供的lepr基因的rs1137101位點為rs1137101-g基因型的lc-ms譜圖。
具體實施方式
為使本發明實施例的目的、技術方案和優點更加清楚,下面將結合本發明實施例中的附圖,對本發明實施例中的技術方案進行清楚、完整地描述,顯然,所描述的實施例是本發明一部分實施例,而不是全部的實施例,基于本發明中的實施例,本領域普通技術人員在沒有做出創造性勞動的前提下所獲得的所有其他實施例,都屬于本發明保護的范圍。
如圖1所示,本發明實施例提供了一種個體化用藥相關基因多態性的檢測方法,包括:
步驟101:預先合成lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的特異性擴增引物和單堿基延伸引物,其中,所述特異性擴增引物序列如seqidno.1~38所示,所述單堿基延伸引物序列如seqidno.39~57所示;
步驟102:從待測樣本中提取出待測樣本基因組dna,并將所述待測樣本基因組dna作為dna模板;
步驟103:配置包含所述特異性擴增引物和所述dna模板的pcr擴增體系;
步驟104:利用pcr儀對所述pcr擴增體系進行擴增反應,獲得第一反應體系;
步驟105:對所述第一反應體系進行消化處理,獲得第二反應體系;
步驟106:配置包含所述單堿基延伸引物的單堿基延伸反應體系;
步驟107:向所述第二反應體系中加入所述單堿基延伸反應體系,并對加入所述單堿基延伸反應體系的所述第二反應體系進行延伸反應,獲得第三反應體系;
步驟108:對所述第三反應體系進行脫鹽純化處理,獲得純化產物;
步驟109:利用包括有質譜儀的檢測儀器檢測所述純化產物,確定所述待測樣本的所述目標snp位點的基因多態性。
在本發明實施例中,將從待測樣本中提取出的待測樣本基因組dna,加入到包含有lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的特異性擴增引物中進行擴增反應,可以擴增出包含目標snp位點的目的片段的第一反應體系,再順次進行消化處理,可以去除第一反應體系內多余的dntp,順次向去除dntp獲得第二反應體系中加入包含有目標snp位點的單堿基延伸引物,對該體系進行延伸反應可以獲得包含有單堿基延伸產物的第三反應體系,再進行脫鹽純化處理,去除第三反應體系中的鹽離子,即可獲得純化產物,最后利用包括有質譜儀的檢測儀器對純化產物進行檢測,即可確定待測樣本的lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的基因多態性。由于包括有質譜儀的檢測儀器檢測個體化用藥相關基因多態性的周期短,因此能夠提高個體化用藥相關基因多態性的檢測效率。
需要說明的是,提取待測樣本基因組dna的方式,可以是用口腔拭子收集的口腔脫落細胞,或收集的新鮮外周血/組織樣本采用天根口腔拭子基因組dna提取試劑盒(dp322),或血液/細胞/組織基因組dna提取試劑盒(dp304)提取,并采用np80-touch(德國implen)測定dna的濃度及純度后的待測樣本基因組dna,其中,待測樣本基因組dna的od260/od280比值位于1.6~2.2范圍區間內,且濃度位于5~1000ng/μl范圍區間內,以便提取出的待測樣本基因組dna的質量符合測試要求。
lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的特異性擴增引物和單堿基延伸引物可以根據需求設計。按照lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的正向引物序列和反向引物序列合成對應的特異性擴增引物,特異性擴增引物的合成可以采用固相合成法或者委托生物合成公司合成并檢測正向和反向引物;單堿基延伸引物可以委托生物合成公司合成并檢測。
其中,seqidno.1所示特異性擴增引物中為lepr基因的rs1137101位點的正向引物,其反向引物如seqidno.2所示;
seqidno.3所示特異性擴增引物為ankk1基因的rs1800497位點的正向引物,其反向引物如seqidno4所示;
seqidno.5所示的特異性擴增引物為ephx1基因的rs2234922位點的正向引物,其反向引物如seqidno.6所示;
seqidno.7所示的特異性擴增引物為ephx1基因的rs1051740位點的正向引物,其反向引物如seqidno.8所示;
seqidno.9所示特異性擴增引物為scn1a基因的rs3812718位點的正向引物,其反向引物如seqidno10所示;
seqidno.11所示特異性擴增引物為fkbp5基因的rs4713916位點的正向引物,其反向引物如seqidno.12所示;
seqidno.13所示的特異性擴增引物為htr1a基因的rs6295位點的正向引物,其反向引物如seqidno.14所示;
seqidno.15所示的特異性擴增引物為cyp2c9基因的rs1799853位點的正向引物,其反向引物如seqidno16所示;
seqidno.17所示的特異性擴增引物為cyp2c9基因的rs1057910位點的正向引物,其反向引物如seqidno.18所示;
seqidno.19所示的特異性擴增引物為mc4r基因的rs489693位點的正向引物,其反向引物如seqidno.20所示;
seqidno.21所示的特異性擴增引物為c3基因的rs2277984位點的正向引物,其反向引物如seqidno22所示;
seqidno.23所示的特異性擴增引物為epm2a基因的rs1415744位點的正向引物,其反向引物如seqidno.24所示;
seqidno.25所示的特異性擴增引物為drd2基因的rs1799732位點的正向引物,其反向引物如seqidno.26所示;
seqidno.27所示的特異性擴增引物為ugt1a9基因的rs2741049位點的正向引物,其反向引物如seqidno28所示;
seqidno.29所示的特異性擴增引物為cyp1a2基因的rs762551位點的正向引物,其反向引物如seqidno.30所示;
seqidno.31所示的特異性擴增引物為cyp1a2基因rs2069514位點正向引物,其反向引物如seqidno.32所示;
seqidno.33所示的特異性擴增引物為cyp2c19基因的rs4244285位點的正向引物,其反向引物如seqidno34所示;
seqidno.35所示的特異性擴增引物為cyp2c19基因的rs4986893位點的正向引物,其反向引物如seqidno.36所示;
seqidno.37所示的特異性擴增引物為cyp2c19基因的rs12248560位點正向引物,其反向引物如seqidno.38所示。
seqidno.39所示的為lepr基因的rs1137101位點的單堿基延伸引物;seqidno.40所示的為ankk1基因的rs1800497位點的單堿基延伸引物;seqidno.41所示的為ephx1基因的rs2234922位點的單堿基延伸引物;seqidno.42所示的為ephx1基因的rs1051740位點的單堿基延伸引物;seqidno.43所示的為scn1a基因的rs3812718位點的單堿基延伸引物;seqidno.44所示的為fkbp5基因的rs4713916位點的單堿基延伸引物;seqidno.45所示的為htr1a基因的rs6295位點的單堿基延伸引物;seqidno.46所示的為cyp2c9基因的rs1799853位點的單堿基延伸引物;seqidno.47所示的為cyp2c9基因的rs1057910位點的單堿基延伸引物;seqidno.48所示的為mc4r基因的rs489693位點的單堿基延伸引物;seqidno.49所示的為c3基因的rs2277984位點的單堿基延伸引物;seqidno.50所示的為epm2a基因的rs1415744位點的單堿基延伸引物;seqidno.51所示的為drd2基因的rs1799732位點的單堿基延伸引物;seqidno.52所示的為ugt1a9基因的rs2741049位點的單堿基延伸引物;seqidno.53所示的為cyp1a2基因的rs762551位點的單堿基延伸引物;seqidno.54所示的為cyp1a2基因的rs2069514位點的單堿基延伸引物;seqidno.55所示的為cyp2c19基因的rs4244285位點的單堿基延伸引物;seqidno.56所示的為cyp2c19基因的rs4986893位點的單堿基延伸引物;seqidno.57所示的為cyp2c19基因的rs12248560位點的單堿基延伸引物。
在本發明一實施例中,進行擴增反應的pcr擴增體系,包括:
蒸餾水8~10份,10*pcrbuffer4~6份,25mmol的mgcl23~5份,20mmol的脫氧核糖核苷三磷酸混合物1~2份,seqidno.1~38所示的特異性擴增引物的混合物9~11份、dna聚合酶1~2份和dna模板19~21份,其中,各組分按體積比計,9~11份的特異性擴增引物的混合物中的每種特異性擴增引物的濃度均為0.1~2μmol,1~2份的所述dna聚合酶的濃度為0.5~2u/μl,19~21份的所述dna模板的量為5~500ng。
進行延伸反應的單堿基延伸反應體系,包括:
蒸餾水5~7份,10*pcrbuffer1~3份,20mmol的雙脫氧核苷三磷酸混合物1~3份,seqidno.39~57所示的單堿基延伸引物的混合物8~11份,以及dna聚合酶0.3~0.5份,其中,各組分按體積比計,0.3~0.5份的所述dna聚合酶的濃度為0.5~2u/μl,8~11份的單堿基延伸引物的混合物中的每條單堿基延伸引物的濃度均為1~20μmol。
在本發明一實施例中,所述利用pcr儀對所述pcr擴增體系進行擴增反應,獲得第一反應體系,包括:
利用pcr儀執行:
步驟a1:在90~98℃下,對所述pcr擴增體系預熱0.5~10min;
步驟a2:在90~95℃下,對預熱后的所述pcr擴增體系進行變性反應0.17~1min;
步驟a3:在45~65℃下,對變性反應后的所述pcr擴增體系進行退火反應0.17~1min;
步驟a4:在68~72℃下,對退火反應后的所述pcr擴增體系進行延伸反應0.17~10min;
步驟a5:將步驟a2、步驟a3和步驟a4循環25~45次,對延伸反應后的所述pcr擴增體系進行循環反應;
步驟a6:在68~72℃下,對循環反應后的所述pcr擴增體系進行終延伸反應0~10min,獲得第一反應體系,并在2~8℃下保存所述第一反應體系。
為了防止在進行pcr擴增反應時,部分pcr擴增體系出現冷凝,可以先對配置的pcr擴增體系進行預熱處理,再進行dna模板的變性反應,順次進行dna模板與各個位點的特異性擴增引物的退火反應,順次進行各個位點的特異性擴增引物的延伸反應,再重復循環“變性-退火-延伸”25~45次,擴增出各個目的基因的目的位點的目的片段,再對體系進行終延伸反應,以提高完整雙鏈dna的比例。
在本發明一實施例中,所述對所述第一反應體系進行消化處理,獲得第二反應體系,包括:
向所述第一反應體系中加入0.5~2u的堿性磷酸酶和對應的堿性磷酸酶緩沖液;
利用所述pcr儀,在25~40℃下,對加入所述堿性磷酸酶和所述堿性磷酸酶緩沖液的所述第一反應體系進行消化處理5~60min,并在70~85℃下,對消化處理后的所述第一反應體系進行加熱變性處理5~60min,獲得第二反應體系,最后在2~8℃下,保存所述第二反應體系。
在第一反應體系加入堿性磷酸酶和堿性磷酸酶緩沖液,再進行消化-變性處理,可以去除體系內多余的脫氧核糖核苷三磷酸dntp,最后在2~8℃條件下保存第二反應體系。
其中,堿性磷酸酶,包括:蝦堿性磷酸酶、小牛腸堿性磷酸酶、大腸桿菌堿性磷酸酶、大鼠堿性磷酸酶和熱敏性堿性磷酸酶中的任意一種。
在本發明一實施例中,所述對加入所述單堿基延伸反應體系的所述第二反應體系進行延伸反應,獲得第三反應體系,包括:
利用所述pcr儀執行:
步驟b1:在90~98℃下,對加入所述單堿基延伸反應體系的所述第二反應體系預熱0.5~10min;
步驟b2:在90~98℃下,對預熱后的所述第二反應體系進行變性反應5~30s;
步驟b3:在50~58℃下,對變性反應后的所述第二反應體系進行退火反應5~30s;
步驟b4:在65~82℃下,對退火反應后的所述第二反應體系進行延伸反應5~30s;
步驟b5:將步驟b3至步驟b4循環4~6次,對所述延伸反應后的所述第二反應體系進行變性、退火循環反應;
步驟b6:將步驟b2至步驟b5循環25~45次,對變性、退火循環反應后的所述第二反應體系進行擴增循環反應;
步驟b7:在65~75℃下,對擴增循環反應后的所述第二反應體系進行終延伸反應0~10min,獲得第三反應體系,并在2~8℃下,保存所述第三反應體系。
為了防止配置的單堿基延伸反應體系在進行延伸反應時,部分體系出現冷凝,可以先對第二反應體系進行預熱處理,再進行“退火-延伸”以延伸出各個目標基因的目標snp位點的單堿基延伸引物的延伸產物,再對體系進行“退火-延伸”循環反應,最后進行終延伸反應,以增加單堿基延伸引物的延伸產物的量。
在本發明一實施例中,所述對所述第三反應體系進行脫鹽純化處理,獲得純化產物,包括:
向所述第三反應體系中加入樹脂,再加入蒸餾水,并將加入所述樹脂和所述蒸餾水的所述第三反應體系混勻,將混勻后的所述第三反應體系的上清液作為純化產物。
還包括:
所述對所述第三反應體系進行脫鹽純化處理,獲得純化產物,包括:
通過層析、超濾和分子篩中的任意一種或多種方式去除所述第三反應體系中的鹽離子,獲得純化產物。
通過層析、超濾和分子篩中的任意一種或多種方式去除所述第三反應體系中的鹽離子,獲得純化產物。
在進行單堿基延伸反應后獲得的第三反應體系進行脫鹽處理時,脫鹽的方式可以是通過樹脂、層析(例如,凝膠過濾層析、高效液相層析、通過ziptip微量層析柱脫鹽、通過spe小柱脫鹽)、超濾、分子篩去除第三反應體系中的鹽離子。
在本發明一實施例中,所述檢測儀器,進一步包括:高效液相色譜儀;
所述檢測儀器的檢測條件,包括:
所述質譜儀的噴霧電壓為3500~4000v,鞘氣為25~50arb,輔氣為10~50arb,離子傳輸管溫度為250~400℃,離子源霧化溫度為300~420℃,離子源溫度為300~400℃,分辨率為3000~140000。
c18反相色譜柱,所述c18反相色譜柱的柱溫為:42~75℃,所述純化產物的進樣量為:5~50μl;
所述高效液相色譜儀的流動相為:a相:蒸餾水,b相:甲醇;
其中,色譜梯度為:0-1min,5%-20%b;1-4min,20%-40%b;4-5.5min,40%-95%b;5.5-6min,95%-5%b;6-10min,5%b。
利用包括有質譜儀的檢測儀器,通過預設的檢測條件對所述純化產物進行測試,獲得譜圖;
對于純化產物中lepr基因的rs1137101位點,當譜圖中只存在分子量為8398±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的lepr基因的rs1137101位點的基因型為aa型;當譜圖中只存在分子量為8318±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的lepr基因的rs1137101位點的基因型為gg型;當譜圖中同時存在分子量為8398±3da和8318±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的lepr基因的rs1137101位點的基因型為ag型;
對于純化產物中ankk1基因的rs1800497位點,當譜圖中只存在分子量為6048±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的ankk1基因的rs1800497位點的基因型為gg型;當譜圖中只存在分子量為6032±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的ankk1基因的rs1800497位點的基因型為aa型;當譜圖中同時存在分子量為6048±3da和6032±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的ankk1基因的rs1800497位點的基因型為ga型;
對于純化產物中ephx1基因的rs2234922位點,當譜圖中只存在分子量為7413±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的ephx1基因的rs2234922位點的基因型為aa型;當譜圖中只存在分子量為7333±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的ephx1基因的rs2234922位點的基因型為gg型;當譜圖中同時存在分子量為7413±3da和7333±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的ephx1基因的rs2234922位點的基因型為ag型;
對于純化產物中ephx1基因的rs1051740位點,當譜圖中只存在分子量為6182±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的ephx1基因的rs2234922位點的基因型為tt型;當譜圖中只存在分子量為6198±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的ephx1基因的rs1051740位點的基因型為cc型;當譜圖中同時存在分子量為6182±3da和6198±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的ephx1基因的rs1051740位點的基因型為tc型;
對于純化產物中scn1a基因的rs3812718位點,當譜圖中只存在分子量為7745±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的scn1a基因的rs3812718位點的基因型為gg型;當譜圖中只存在分子量為7825±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的scn1a基因的rs3812718位點的基因型為aa型;當譜圖中同時存在分子量為7745±3da和7825±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的scn1a基因的rs3812718位點的基因型為ga型;
對于純化產物中fkbp5基因的rs4713916位點,當譜圖中只存在分子量為5933±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的fkbp5基因的rs4713916位點的基因型為tt型;當譜圖中只存在分子量為5948±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的fkbp5基因的rs4713916位點的基因型為cc型;當譜圖中同時存在分子量為5933±3da和5948±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的fkbp5基因的rs4713916位點的基因型為tc型;
對于純化產物中htr1a基因的rs6295位點,當譜圖中只存在分子量為4803±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的htr1a基因的rs6295位點的基因型為gg型;當譜圖中只存在分子量為4843±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的htr1a基因的rs6295位點的基因型為cc型;當譜圖中同時存在分子量為4803±3da和4843±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的htr1a基因的rs6295位點的基因型為gc型;
對于純化產物中cyp2c9基因的rs1799853位點,當譜圖中只存在分子量為7486±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp2c9基因的rs1799853的基因型為cc型;當譜圖中只存在分子量為7566±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp2c9基因的rs1799853的基因型為tt型;當譜圖中同時存在分子量為7486±3da和7566±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp2c9基因的rs1799853的基因型為ct型;
對于純化產物中cyp2c9基因的rs1057910位點,當譜圖中只存在分子量為5689±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp2c9基因的rs1057910位點的基因型為aa型;當譜圖中只存在分子量為5649±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp2c9基因的rs1057910位點的基因型為cc型;當譜圖中同時存在分子量為5689±3da和5649±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp2c9基因的rs1057910位點的基因型為ac型;
對于純化產物中mc4r基因的rs489693位點,當譜圖中只存在分子量為6284±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的mc4r基因的rs489693位點的基因型為gg型;當譜圖中只存在分子量為6308±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的mc4r基因的rs489693位點的基因型為tt型;當譜圖中同時存在分子量為6284±3da和6308±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的mc4r基因的rs489693位點的基因型為gt型;
對于純化產物中c3基因的rs2277984位點,當譜圖中只存在分子量為6930±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的c3基因的rs2277984位點的基因型為gg型;當譜圖中只存在分子量為7010±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的c3基因的rs2277984位點的基因型為aa型;當譜圖中同時存在分子量為6930±3da和7010±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的c3基因的rs2277984位點的基因型為ga型;
對于純化產物中epm2a基因的rs1415744位點,當譜圖中只存在分子量為8210±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的epm2a基因的rs1415744的基因型為aa型;當譜圖中只存在分子量為8130±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的epm2a基因的rs1415744的基因型為gg型;當譜圖中同時存在分子量為8210±3da和8130±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的epm2a基因的rs1415744的基因型為ag型;
對于純化產物中drd2基因的rs1799732位點,當譜圖中只存在分子量為7181±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的drd2基因的rs1799732位點的基因型為cc型;當譜圖中只存在分子量為7165±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的drd2基因的rs1799732位點的基因型為tt型;當譜圖中同時存在分子量為7181±3da和7165±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的drd2基因的rs1799732位點的基因型為ct型;
對于純化產物中ugt1a9基因的rs2741049位點,當譜圖中只存在分子量為7977±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的ugt1a9基因的rs2741049位點的基因型為tt型;當譜圖中只存在分子量為7897±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的ugt1a9基因的rs2741049位點的基因型為cc型;當譜圖中同時存在分子量為7977±3da和7897±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的ugt1a9基因的rs2741049位點的基因型為tc型;
對于純化產物中cyp1a2基因的rs762551位點,當譜圖中只存在分子量為7836±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp1a2基因的rs762551位點的基因型為cc型;當譜圖中只存在分子量為7876±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp1a2基因的rs762551位點的基因型為aa型;當譜圖中同時存在分子量為7836±3da和7876±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp1a2基因的rs762551位點的基因型為ca型;
對于純化產物中cyp1a2基因的rs2069514位點,當譜圖中只存在分子量為6320±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp1a2基因的rs2069514位點的基因型為gg型;當譜圖中只存在分子量為6400±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp1a2基因的rs2069514位點的基因型為aa型;當譜圖中同時存在分子量為6320±3da和6400±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp1a2基因的rs2069514位點的基因型為ga型;
對于純化產物中cyp2c19基因的rs4244285位點,當譜圖中只存在分子量為5466±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp2c19基因的rs4244285位點的基因型為gg型;當譜圖中只存在分子量為5546±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp2c19基因的rs4244285位點的基因型為aa型;當譜圖中同時存在分子量為5466±3da和5546±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp2c19基因的rs4244285位點的基因型為ga型;
對于純化產物中cyp2c19基因的rs4986893位點,當譜圖中只存在分子量為5397±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp2c19基因的rs4986893位點的基因型為gg型;當譜圖中只存在分子量為5477±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp2c19基因的rs4986893位點的基因型為aa型;當譜圖中同時存在分子量為5397±3da和5477±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp2c19基因的rs4986893位點的基因型為ga型;
對于純化產物中cyp2c19基因的rs12248560位點,當譜圖中只存在分子量為7586±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp2c19基因的rs12248560位點的基因型為cc型;當譜圖中只存在分子量為7570±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp2c19基因的rs12248560位點的基因型為tt型;當譜圖中同時存在分子量為7586±3da和7570±3da的單堿基延伸產物時,待測樣本的cyp2c19基因的rs12248560位點的基因型為ct型。
根據lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的單堿基延伸產物的理論分子量,包括高效液相色譜儀和質譜儀的檢測儀器對純化產物進行測試獲得的譜圖中出現相應的分子量(質荷比)的質譜峰和對應的色譜峰,則可以確定待測樣本中存在對應的基因型。由于包括高效液相色譜儀和質譜儀的檢測儀器來檢測基因多態性的周期短,因此可以縮短lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的基因多態性的檢測時長,提高基因多態性的檢測效率。并且通過色譜、質譜方式進行基因多態性的檢測,還可以特異、簡單、高通量的對目標基因的snp位點進行分型。同時,由于包括高效液相色譜儀和質譜儀的檢測儀器檢測的重現性高,因此可以使得基因多態性的檢測結果可重現性高,并且使得檢測的自動化程度高,降低lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的基因多態性檢測的難度。
圖2和圖3示出了lepr基因的rs1137101位點不同基因型的lc-ms譜圖。其中,圖2和圖3的第一個坐標系均為色譜圖,第二坐標系均為質譜圖。其中,第一坐標系的橫坐標為保留時間,單位為min,縱坐標為電信號強度,單位為mv。第二坐標系的橫坐標為例子的質荷比,單位為m/z,縱坐標為離子流的強度。
圖2是lepr基因的rs1137101位點為rs1137101-a基因型的lc-ms譜圖;
圖3是lepr基因的rs1137101位點為rs1137101-g基因型的lc-ms譜圖。
需要說明的是,質譜儀器可以是基質輔助激光解吸飛行時間質譜儀,或者是能夠檢測核酸分子量的質譜儀器。如,q-obitrap質譜、q-tof質譜、maldi-tof質譜、四級桿質譜、三重四級桿質譜。
c18反相色譜柱可以是proteomix-sax色譜柱(5μm,4.6x150mm),或者是supelcosillc-18-t液相色譜柱,或者是acquityuplcostc181.7μm,或者是dnapacpa100核酸分析柱,或者是xbridgeoligonucleotidebehc18obd色譜柱,或者是tskgeldna-npr色譜柱,或者是shim–packvp-ods色譜柱,或者是tskgeldna-stat色譜柱。
綜上可見,通過能夠特異性擴增包含snp位點區域的目標基因片段的特異性擴增引物,以及dna聚合酶系進行pcr擴增,pcr結束后加入堿性磷酸酶消化處理,去除反應液中的dntp。之后,在該反應液中加入snp位點特異的單堿基延伸引物及ddntp等相關組分并進行單堿基延伸反應,反應過程中,snp位點特異的延伸引物能夠與待測的snp位點的5’端進行特異結合并根據堿基互補配對原則延伸出與目標snp基因型互補的堿基,根據不同的基因型的dna模板可得到不同的單堿基延伸產物。由于不同堿基的分子量不同,因此根據單堿基延伸產物的分子量能夠確定所分析snp位點的基因型,實現確定基因多態性的目的。
需要說明的是,下述所用的待測樣本基因組dna,均是在患者或患者的監護人知情同意的情況下收集的。
下面通過幾個具體的實施例對本發明作進一步的說明:
在實施例1中,一種個體化用藥相關基因多態性的檢測方法可包括:
步驟c1:預先合成lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的特異性擴增引物和單堿基延伸引物。
步驟c2:從待測樣本中提取出待測樣本基因組dna,并將該待測樣本基因組dna作為dna模板,其中,dna模板的濃度為50ng/μl。
其中,待測樣本基因組dna為,利用血液/細胞/組織基因組dna提取試劑盒(dp304)提取從待測樣本的新鮮外周血樣本中提取獲得,并采用np80-touch測定濃度位于5~1000ng/μl范圍區間內,且od260/od280比值位于1.6~2.2范圍區間內的基因組dna。
步驟c3:配置由蒸餾水0.9μl,25mmol的mgcl20.4μl,20mmol的脫氧核糖核苷三磷酸混合物0.1μl,seqidno.1~38所示的特異性擴增引物的混合物1μl,taqdna聚合酶0.1μl,taqdna聚合酶對應的10*pcrbuffer0.5μl,以及dna模板2μl組成的pcr擴增體系,其中,該pcr擴增體系中的特異性擴增引物的混合物中的每種特異性擴增引物的濃度均為1μmol,taqdna聚合酶的濃度為1.25u/μl,dna模板的量為100ng。
步驟c4:利用pcr儀對pcr擴增體系95℃預熱3min,順次在95℃下變性30s,順次在54℃下退火30s,順次在72℃下延伸0.5min,再將95℃變性30s、54℃退火30s和72℃延伸0.5min循環45次,順次在72℃下終延伸5min,獲得包含lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的目的片段的第一反應體系,最后在4℃下保存第一反應體系。
步驟c5:向第一反應體系中加入1u的大腸桿菌堿性磷酸酶和對應的堿性磷酸緩沖液,利用pcr儀在37℃下消化處理40min,順次在75℃下加熱變性10min,去除體系內多余的dntp,獲得消除處理后的第二反應體系,并在4℃下,保存第二反應體系。
步驟c6:配置由蒸餾水0.659μl,20mmol的雙脫氧核苷三磷混合物0.2μl,lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的單堿基延伸引物的混合物0.9μl,t7dna聚合酶0.041μl,以及對應的10*pcrbuffer0.2μl組成的單堿基延伸反應體系,其中,該單堿基延伸反應體系中的seqidno.39~57所示的單堿基延伸引物的濃度均為10μmol,t7dna聚合酶的濃度為1.25u/μl。
步驟c7:將步驟c6獲得的單堿基延伸反應體系加入到步驟c5獲得的第二反應體系中,利用pcr儀在94℃下預熱30s,順次在94℃下變性5s,順次在54℃下退火10s,順次在80℃下延伸5s,順次將54℃下退火10s和80℃延伸5s循環5次,順次將94℃下變性5s與(54℃下退火10s和80℃下延伸5s循環5次)循環40次,最后在72℃下終延伸5min,獲得包括lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的單堿基延伸產物的第三反應體系,并在4℃下,保存獲得的第三反應體系。
步驟c8:將第三反應體系加入25mg的樹脂,再加入50μl的蒸餾水,并將加入樹脂和蒸餾水的第三反應體系混勻,并在混勻后的體系中取上清液作為純化產物。
步驟c9:利用包括有高效液相色譜儀和質譜儀的檢測儀器,通過預設的檢測條件對純化產物進行測試,確定待測樣本中的lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的基因多態性。
其中,步驟c9中的質譜儀的檢測條件為噴霧電壓為3800v,鞘氣為32arb,輔氣為30arb,離子傳輸管溫度為320℃,離子源霧化溫度為350℃,離子源溫度為350℃,分辨率為70000。
其中,步驟c9中的高效液相色譜儀的檢測條件為c18反相色譜柱,c18反相色譜柱的柱溫為:55℃,純化產物的進樣量為:22.5μl,其中,所述c18反相色譜柱的色譜柱型號為:acquityuplcoligobehc18,柱內徑為:1.7μm,柱長為:2.1x50mm;
高效液相色譜儀的流動相為:a相:蒸餾水,b相:甲醇;
色譜梯度為:0-1min,5%-20%b;1-4min,20%-40%b;4-5.5min,40%-95%b;5.5-6min,95%-5%b;6-10min,5%b。
在實施例2中,個體化用藥相關基因多態性的檢測方法可包括:
步驟d1:預先合成lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的特異性擴增引物和單堿基延伸引物。
步驟d2:從待測樣本中提取出待測樣本基因組dna,并將該待測樣本基因組dna作為dna模板,其中,dna模板的濃度為5ng/μl。
其中,待測樣本基因組dna為,利用天根口腔拭子基因組dna提取試劑盒(dp322)從待測樣本的口腔脫落細胞中提取出的,并采用np80-touch測定濃度位于5~1000ng/μl范圍區間內,且od260/od280比值位于1.6~2.2范圍區間內的基因組dna。
步驟d3:配置由蒸餾水0.8μl,25mmol的mgcl20.3μl,20mmol的脫氧核糖核苷三磷酸混合物0.1μl,seqidno.1~38所示的特異性擴增引物的混合物0.9μl,taqdna聚合酶0.1μl,taqdna聚合酶對應的10*pcrbuffer0.4μl,以及dna模板1.9μl組成的pcr擴增體系,其中,該特異性擴增引物的混合中的seqidno.1~38所示的每種特異性擴增引物的濃度均為1μmol,taqdna聚合酶的濃度為1.25u/μl,dna模板的量為9.5ng。
步驟d4:利用pcr儀對pcr擴增體系90℃預熱0.5min,順次在90℃下變性0.17min,順次在45℃下退火0.17min,順次在68℃下延伸0.17min,再將90℃下變性0.17min、45℃下退火0.17min和68℃下延伸0.17min循環25次,獲得包含lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的目的片段的第一反應體系,最后在4℃下保存第一反應體系。
步驟d5:向第一反應體系中加入0.5u的大腸桿菌堿性磷酸酶和對應的堿性磷酸緩沖液,利用pcr儀在25℃下消化處理5min,順次在70℃下加熱變性5min,去除體系內多余的dntp,獲得消除處理后的第二反應體系,并在4℃下,保存第二反應體系。
步驟d6:配置由蒸餾水0.5μl,20mmol的雙脫氧核苷三磷混合物0.1μl,seqidno.39~57所示的單堿基延伸引物的混合物0.8μl,t7dna聚合酶0.03μl,以及t7dna聚合酶對應的10*pcrbuffer0.1μl組成的單堿基延伸反應體系,其中,0.8μl的seqidno.39~57所示的單堿基延伸引物的混合物中的每條單堿基延伸引物的濃度均為1μmol,t7dna聚合酶的濃度為0.5u/μl。
步驟d7:將步驟d6獲得的單堿基延伸反應體系加入到步驟d5獲得的第二反應體系中,利用pcr儀在90℃下預熱30s,順次在90℃下變性5s,順次在50℃下退火5s,順次在65℃下延伸5s,順次將50℃下退火5s和65℃下延伸5s循環5次,順次將90℃下變性5s與(50℃下退火5s和65℃下延伸5s循環5次)循環25次,獲得包括lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的單堿基延伸產物的第三反應體系,并在4℃下,保存獲得的第三反應體系。
步驟d8:將第三反應體系加入15mg的樹脂,再加入50μl的蒸餾水,并將加入樹脂后和蒸餾水的第三反應體系混勻,并在混勻后的體系中取上清液作為純化產物。
步驟d9:利用包括有高效液相色譜儀和質譜儀的檢測儀器,通過預設的檢測條件對純化產物進行測試,確定待測樣本中的lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的基因多態性。
其中,步驟d9中的質譜儀的檢測條件為噴霧電壓為3500v,鞘氣為25arb,輔氣為30arb,離子傳輸管溫度為250℃,離子源霧化溫度為300℃,離子源溫度為300℃,分辨率為3000。
其中,步驟d9中的高效液相色譜儀的檢測條件為c18反相色譜柱,c18反相色譜柱的柱溫為:42℃,純化產物的進樣量為:5μl,其中,所述c18反相色譜柱的色譜柱型號為:acquityuplcoligobehc18,柱內徑為:1.7μm,柱長為:2.1x50mm;
高效液相色譜儀的流動相為:a相:蒸餾水,b相:甲醇;
色譜梯度為:0-1min,5%-20%b;1-4min,20%-40%b;4-5.5min,40%-95%b;5.5-6min,95%-5%b;6-10min,5%b。
在實施例3中,個體化用藥相關基因多態性的檢測方法可包括:
步驟e1:預先合成lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的特異性擴增引物和單堿基延伸引物。
步驟e2:從待測樣本中提取出待測樣本基因組dna,并將該待測樣本基因組dna作為dna模板,其中,dna模板的濃度為119ng/μl。
其中,待測樣本基因組dna為,利用血液/細胞/組織基因組dna提取試劑盒(dp304)從待測樣本的組織樣本中提取獲得,并采用np80-touch測定濃度位于5~1000ng/μl范圍區間內,且od260/od280比值位于1.6~2.2范圍區間內的基因組dna。
步驟e3:配置由蒸餾水1μl,25mmol的mgcl20.5μl,20mmol的脫氧核糖核苷三磷酸混合物0.2μl,seqidno.1~38所示的特異性擴增引物的混合物1.1μl,t4dna聚合酶0.2μl,t4dna聚合酶對應的10*pcrbuffer0.6μl,以及dna模板2.1μl組成的pcr擴增體系,其中,該特異性擴增引物的混合物中的seqidno.1~38所示的每種特異性擴增引物的濃度均為2μmol,t4dna聚合酶的濃度為2u/μl,dna模板的量為250ng。
步驟e4:利用pcr儀對pcr擴增體系98℃預熱10min,順次在95℃下變性1min,順次在65℃下退火1min,順次在72℃下延伸10min,再將95℃下變性1min、65℃下退火1min和72℃下延伸10min循環45次,獲得包含lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的目的片段的第一反應體系,最后在4℃下保存第一反應體系。
步驟e5:向第一反應體系中加入2u的大腸桿菌堿性磷酸酶和對應的堿性磷酸緩沖液,利用pcr儀在40℃下消化處理60min,順次在85℃下加熱變性60min,去除體系內多余的dntp,獲得消除處理后的第二反應體系,并在4℃下,保存第二反應體系。
步驟e6:配置由蒸餾水0.7μl,20mmol的雙脫氧核苷三磷混合物0.3μl,seqidno.39~57所示的單堿基延伸引物的混合物1.1μl,t7dna聚合酶0.05μl,以及t7dna聚合酶對應的10*pcrbuffer0.3μl組成的單堿基延伸反應體系,其中,1.1μ的seqidno.39~57所示的單堿基延伸引物的混合物中的每條單堿基延伸引物的濃度均為20μmol,t7dna聚合酶的濃度為2u/μl。
步驟e7:將步驟e6獲得的單堿基延伸反應體系加入到步驟e5獲得的第二反應體系中,利用pcr儀在98℃下預熱10s,順次在98℃下變性30s,順次在58℃下退火30s,順次在82℃下延伸30s,順次將58℃下退火30s和82℃下延伸30s循環6次,順次將98℃下變性30s與(58℃下退火30s和82℃下延伸30s循環6次)循環45次,獲得包括lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的單堿基延伸產物的第三反應體系,并在4℃下,保存獲得的第三反應體系。
步驟e8:將第三反應體系加入40mg的樹脂,再加入70μl的蒸餾水,并將加入樹脂后和蒸餾水的第三反應體系混勻,并在混勻后的體系中取上清液作為純化產物。
步驟e9:利用包括有高效液相色譜儀和質譜儀的檢測儀器,通過預設的檢測條件對純化產物進行測試,確定待測樣本中的lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的基因多態性。
其中,步驟e9中的質譜儀的檢測條件為噴霧電壓為4000v,鞘氣為50arb,輔氣為50arb,離子傳輸管溫度為400℃,離子源霧化溫度為400℃,離子源溫度為400℃,分辨率為140000;
其中,步驟e9中的高效液相色譜儀的檢測條件為c18反相色譜柱,c18反相色譜柱的柱溫為:75℃,純化產物的進樣量為:50μl,其中,所述c18反相色譜柱的色譜柱型號為:acquityuplcoligobehc18,柱內徑為:1.7μm,柱長為:2.1x50mm;
高效液相色譜儀的流動相為:a相:蒸餾水,b相:甲醇;
色譜梯度為:0-1min,5%-20%b;1-4min,20%-40%b;4-5.5min,40%-95%b;5.5-6min,95%-5%b;6-10min,5%b。
本發明各個實施例至少具有如下有益效果:
1、在本發明一實施例中,將從待測樣本中提取出的待測樣本基因組dna,加入到包含有lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的特異性擴增引物中進行擴增反應,可以擴增出包含目標snp位點的目的片段的第一反應體系,再順次進行消化處理,可以去除第一反應體系內多余的dntp,順次向去除dntp獲得第二反應體系中加入,包含有目標snp位點的單堿基延伸引物,對該體系進行延伸反應可以獲得包含有單堿基延伸產物的第三反應體系,再進行脫鹽純化處理,去除第三反應體系中的鹽離子,即可獲得純化產物,最后利用包括有質譜儀的檢測儀器對純化產物進行檢測,即可確定待測樣本的lepr基因、ankk1基因、ephx1基因、scn1a基因、fkbp5基因、htr1a基因、cyp2c9基因、mc4r基因、epm2a基因、drd2基因、ugt1a9基因、cyp1a2基因、cyp2c19基因的目標snp位點的基因多態性。由于包括有質譜儀的檢測儀器檢測個體化用藥相關基因多態性的周期短,因此能夠提高個體化用藥相關基因多態性的檢測效率。
需要說明的是,在本文中,諸如第一和第二之類的關系術語僅僅用來將一個實體或者操作與另一個實體或操作區分開來,而不一定要求或者暗示這些實體或操作之間存在任何這種實際的關系或者順序。而且,術語“包括”、“包含”或者其任何其他變體意在涵蓋非排他性的包含,從而使得包括一系列要素的過程、方法、物品或者設備不僅包括那些要素,而且還包括沒有明確列出的其他要素,或者是還包括為這種過程、方法、物品或者設備所固有的要素。在沒有更多限制的情況下,由語句“包括一個〃····〃”限定的要素,并不排除在包括所述要素的過程、方法、物品或者設備中還存在另外的相同因素。
最后需要說明的是:以上所述僅為本發明的較佳實施例,僅用于說明本發明的技術方案,并非用于限定本發明的保護范圍。凡在本發明的精神和原則之內所做的任何修改、等同替換、改進等,均包含在本發明的保護范圍內。